A missão de um Jardim Botânico é uma declaração escrita do por que o jardim existe e que propósitos pretende cumprir. É a base para nortear todas as atividades, guiando o planejamento e políticas atuais e futuras.

   Em 2014, ao completar 20 anos, a missão do Jardim Botânico Municipal de Bauru foi reformulada. Por meio de um Workshop de Comunicação Interna, com a participação de todos os funcionários da instituição, foram elaborados a nova missão, visão e valores. 

  Todas as atividades realizadas pelo Jardim Botânico Municipal de Bauru visam a Flora Regional.